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如何在NCBI上查找某一基因序列及其启动子
来源：互联网
2023-02-20 19:40:19 128
有时研究某一基因需要它的基因序列及其启动子。现在很多已经测序的物种的序列都很容易找到。这里以拟南芥某一基因为例，介绍如何利用NCBI查找这些序列。
工具/原料
- 电脑
- NCBI官网
方法/步骤
打开NCBI官网；
在搜索框中找到“gene”,并输入想要查找的基因号，这里随便搜一个（at1g11110）,然后“search”；
在搜索结果中，找到如下图中的“MapViewer”，查看基因在染色体中的位置；
下一步的结果就能够查看该基因的位置，还有很多其他的信息，且不管它，找到右上角的“Download/ViewSequence/Evidence”，进去下载所需的序列；
你可以边牺秤查看到两种形式的序列：FASTA和GenBank，推荐使用后者，因为可以看到对序列的注释，可以清楚的看到哪是基因，哪是启动子，哪是CDS等。而前者只是纯粹的序列。点击“display”查看；
由下图可以看出，该基因序列范围：288..2583，mRNA范围：块霸(288..355,444..467,653..935,1032..1135,1253..1375, 1641..1803,2052..2583)，CDS范围：(444..467,653..935,1032..1135,1253..1375,1641..1803, 2052..2188)。基因中的外显子不是连续的，因此CDS也不是连续的；
CDS上游霸盯的序列就是该基因启动子部分，而具体的启动子的长度是不一样的，可以根据需要进行选择。如果觉得上游的序列不够长，可以在右上角设定显示的碱基的范围，从而获得足够长度的序列；
希望可以帮到有需要的人。
以上方法由办公区教程网编辑摘抄自百度经验可供大家参考！
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